Een bacterie is erg klein, slechts een paar micrometer, (een micrometer is een duizendste millimeter) pas bij duizend keer vergroten kun je de cellen door de microscoop bekijken, zelfs dan is er niet veel aan te zien.

Alleen de vorm, een eventuele spore,kapsel en reservekorrels zijn zichtbaar.
Ook de ligging van de cellen ten opzichte van elkaar wordt duidelijk en kan een hulp zijn bij de herkenning /determinatie van de bacterie(soort).

Hoe je een bacterie kunt kunt klaar maken voor de microscoop vind je bij microscopisch onderzoek.

Een bacterie bestaat uit één cel, bestaande uit de celenveloppe dit is de "verpakking", en de celinhoud. De bacteriecel is prokaryoot dat wil zeggen dat het DNA niet in een aparte celkern ligt maar los. Ook zijn er geen celorganellen met aparte functies zoals  mitochondrien (celademhaling).
Klik de naam van het onderdeel in het plaatje hieronder aan om verder te gaan: let op dit beeld zie je dus niet door de lichtmicroscoop! 

zie ook bacteriecel, de links