Het kolonie-uiterlijk is vaak al een eerste aanwijzing over de aard van het aanwezige micro-organisme.
Kenmerken zijn:

• grootte
• kleur
• vorm
• het "materiaal": glad, slijmerig, pluizig

Het is dan ook belangrijk om op de kenmerken van een kolonie te letten.
Hierbij speelt naast het uiterlijk ook de geur een belangrijke rol.
Zo hebben Enterobacteriën een karakteristieke weeë geur, ruiken melkzuurbacteriën zuur en gisten naar bier.
Dit cultuur onderzoek (ook wel macroscopisch onderzoek genoemd) is vooral geschikt voor bacteriën, gisten en schimmels. Toch zal vrijwel altijd nog ander onderzoek nodig zijn om deze eerste indruk te bevestigen.

We komen zo vaak niet verder als een groep, maar op een speciaal ontworpen selectieve plaat kan men zelfs vaak soorten herkennen. maar dan zijn we eigenlijk al bezig met de biochemische testen. Zie selectieve platen.