Hoe kom je erachter met welke bacterie je te maken hebt of hoe weet je of een bepaalde bacterie in een monster (voedsel, water, patiëntenmateriaal) aanwezig is ? Net als bij het opsporen van boeven moet je bij elke naam eerst een signalement hebben, dus hoe ziet de dader eruit? Welke eigenschappen heeft hij?

Men kan micro-organisme determineren door onderzoek naar:
Groeiwijze

Microscopisch uiterlijk

Biochemische eigenschappen

Antigene eigenschappen

Gevoeligheid voor diverse fagen

DNA-kenmerken

Niet voor elk micro-organismen zijn alle bovengenoemde methoden geschikt. In veel gevallen is ook een combinatie nodig. zie schema voor beginners

Verder moet je weten hoe je die eigenschappen die belangrijk zijn voor de identificatie bepaalt : door een preparaatje te maken en te bekijken, door op een voedingsbodem te enten die het beestje een kenmerkend uiterlijk geeft, door de bacterie te testen op een  biochemische eigenschap of met een antistof. Heb je nu de kenmerken dan kun je opzoeken welke bacterie het is.

In heel veel gevallen doet men gericht onderzoek: dus gaat men kijken of er Salmonella in kip zit en hoeveel coliformen er in water aanwezig zijn? Dus van te voren wordt er een gericht onderzoeksplan gemaakt om een bepaalde bacterie(groep) op te sporen. Men gaat dan bewust alle andere bacteriën uitsluiten door ze in het onderzoek weg te selecteren.

In sommige gevallen gaat men andersom te werk : men heeft een bacterie geïsoleerd , bijvoorbeeld uit een ontstoken uier van een koe en wil nu weten welke soort bacterie het is. Het onderzoek moet nu breder worden opgezet om alle mogelijkheden tot het eind toe mee te kunnen nemen. Toch gaat men wel afstrepen : dus als een bacterie gramnegatief is vallen alle grampositieve bacteriën. Door zo tegelijkertijd een aantal testen te doen kan men door logisch redeneren de onbekende bacteriën op naam brengen (identificeren of determineren).

Waarom is identificeren belangrijk?

Er zijn veel situaties waarbij men graag wil weten met welk micro-organisme men te maken heeft.
In veel gevallen mogen er geen pathogenen (ziekteverwekkers) in een levensmiddel of water of in de omgeving (productieruimte of ziekenhuis) aanwezig zijn. Men zal dan, vaak na een eerdere telling of grensreactie (presence/absence test) moeten vaststellen of de verdachte kolonies inderdaad de vermoedelijke pathogenen bevatten. Dit wordt ook wel bevestigen genoemd.
Hetzelfde geldt voor het onderzoek naar een ziekteverwekker bij een patiënt: na (ophoping en) isolatie op een (s)electieve plaat worden de verdachte kolonies nader onderzocht.

Niet altijd is het noodzakelijk om de pathogenen zelf aan te tonen. Men kan ook gebruik maken van index-organismen. Toont men deze aan dan is de kans op aanwezigheid van pathogenen aanwezig.
Eisen die men aan zo’n indexorganisme stelt zijn:

Makkelijk aantoonbaar

Altijd aanwezig als de pathogeen waarvoor hij de aanwijzing moet zijn aanwezig is.

Het kan ook zijn dat men meer wil weten over de toestand van een bepaald product: is het voldoende verhit?, is het hygiënisch bereid?

Micro-organismen die op een ongewenste toestand wijzen, noemt men indicatororganismen.

Indicatororganismen hoeven niet altijd op een ongewenste toestand te wijzen. Denk hierbij aan het onderzoek van oppervlaktewater, waarbij de algensamenstelling de vervuilingsgraad van het water verklapt. Hier zijn ook organismen die alleen in zeer schoon water leven,treft men deze aan dan is er sprake van een gunstige situatie.

In veel gevallen wil men echter weten of een bepaald micro-organisme aanwezig is, of een bepaalde groep en vervolgens welke soort van deze groep. Dit geldt vooral bij patiëntenmateriaal of materiaal van zieke dieren. Men wil dus de identiteit van een onbekend micro-organisme vaststellen, ook wel identificatie genoemd.

Erg belangrijk is dat je zeker weet dat je te onderzoeken cultuur(kweek) afkomstig is van 1 cel, dat wil zeggen dat je een reincultuur hebt voor je aan het onderzoek begint.

[ microscopisch uiterlijk ] [ groeiwijze ] [ biochemische eigenschappen ] [ antigene eigenschappen ] [ faagtypering ] [ DNA typering ] [ identificatie grampositieve en gramnegatieve bacterien ]