Bij de indirecte immuunfluorescentie wordt het antigen niet direct met een  fluorescerende antistof gekleurd, maar via een tussenstap waarbij eerst de specifieke antistof tegen het te onderzoeken antigen wordt gebruikt en daarna een antistif tegen deze eerste antistof.

Dit vraagt om uitleg!

Belangrijk om te weten is dat een antistof zelf een groot eiwitmolecuul is met een variabele volgorde en samenstelling aan aminozuren.

Echter per diersoort is er ook een constant gedeelte, kenmerkend voor deze diersoort, die ingespoten bij een andere diersoort, door dit laatstgenoemde als vreemd herkend wordt en dus als antigen waar het tweede dier dus antistoffen tegen gaat vormen.

Schematisch zou je het zo kunnen voorstellen

Rechts de antistof met boven en onder een "bekje" dat past bij het antigen waartegen het gevormd is, bijvoorbeeld een door muizen gevormde antistof tegen het  varkenspestvirus De ronde vormen in het midden worden door andere dieren bijvoorbeeld konijnen als vreemd herkend en dus wordt er een antistof tegen gevormd dat natuurlijk weer past
Hier de passende antistof : konijne-antimuizen-antistof
Deze tweede antistof is voor de bepaling fluorescerend gemaakt

Met het muizen-antivarkenspestserim en het konijne antimuizenserum kunnen we nu de indirecte immuunfluorescentie uitvoeren:

uitstrijkjes van bijvoorbeeld twee varkens
de eerste (muizen)antistof tegen varkenspestvirus, na spoelen blijft de antistof aleen op het eerste preparaat zitten
de tweede fluorescerende (konijnen)antistof tegen muizen, na spoelen blijft het zitten op het eerste preparaat omdat het zich hecht aan de eerste antistof
Beeld: De aanwezigheid van de tweede antistof wordt zichtbaar onder de fluorescentiemicroscoop
Conclusie	Varkenspestvirus aanwezig	Geen varkenspestvirus aanwezig

Andere identificatiekenmerken:[ microscopisch uiterlijk ] [ groeiwijze ] [ biochemische eigenschappen ] [ antigene eigenschappen ] [ faagtypering ] [ DNA typering ] [ identificatie grampositieve en gramnegatieve bacterien ]