Op het lab / Indicatororganismen en indexorganismen
Hoewel het voor de hand lijkt te liggen om de  micro-organismen die de voedselinfectie of voedselvergiftiging veroorzaken zelf te bepalen geeft men in veel gevallen er de voorkeur aan om niet de pathogenen zelf maar indicatororganismen te bepalen
Deze indicatororganismen wijzen op een zodanige toestand van het product dat de kans op pathogenen aanwezig is. Het klassieke voorbeeld is Escherichia coli in drinkwater, treft men dit micro-organisme aan dan bestaat de mogelijkheid dat Salmonella aanwezig is. De redenering is dat Escherichia coli een darmbacterie is, en men er bij aantreffen van dit micro-organismen van uit mag gaan dat er sprake is van een faecale besmetting en dus rekening moet houden met de mogelijke aanwezigheid van pathogenen die van dezelfde besmettingsweg gebruik maken.
Men spreekt van indexorganismen als de aanwezigheid van het organisme een aanwijzing is voor de mogelijke aanwezigheid van een pathogeen (ziekteverwekker).

De bepaling van de pathogenen is vaak tijdrovend, bewerkelijk en ook de pakkans is klein omdat een pathogeen vaak met tussenpozen aanwezig is, vaak snel afsterft en niet zo frequent voorkomt als het indexorganisme.

Een indicator- en indexorganisme moeten aan enkele criteria voldoen:

De verschillende indicator/indexorganismen

Hier volgen een aantal veel gebruikte indicator of indexorganismen

Enterobacteriaceae
Enterobacteriaceae (Enterobacteriën, entero’s) kunnen zowel van fecale als van plantaardige oorsprong zijn Ze worden aangetroffen in producten die geen microbicide behandeling zoals verhitting, hebben ondergaan.,zo zitten ze altijd in rauw vlees, vis en rauwe eieren. Ook in plantaardige onverhitte producten meel, bloem en kruiden worden ze aangetroffen.
Enterobacteriaceae zijn gevoelig voor hoge temperaturen bij een temperatuur van 60ºC sterven ze af (in waterig milieu), De aanwezigheid van Enterobacteriaceae wijst dan ook op nabesmetting, al of niet gevolgd door groei.
Ook kan het aantreffen van Enterobacteriaceae wijzen op een onvoldoende verhitting van het rauwe product. Dit kan betekenen dat bijvoorbeeld Salmonella bacteriën ook nog aanwezig kunnen zijn.
Behalve voor verhitting zijn Enterobacteriaceae ook gevoelig voor een lage pH en een lage wateractiviteit. Eventueel aanwezige Enterobacteriaceae, inclusief Salmonella, sterven in droge producten af, hoewel vast staat dat ze na opslag van het droge product soms nog zeer lang kunnen worden aangetoond.
Omdat de besmetting met Salmonella meestal gepaard gaat met herbesmetting met grotere aantallen andere Enterobacteriaceae is het effectiever te onderzoeken op de aanwezigheid van Enterobacteriaceae.: grotere pakkans, eenvoudiger bepaling.
Ditzelfde geldt voor de microbiologische controle van 'gevaarlijke' plaatsen in leidingen en apparatuur. Door de herbesmetting met Enterobacteriaceae te bestrijden, bestrijdt men ook de eventuele herbesmetting met Salmonella. Dit geldt dus voor de kwaliteitsbeheersing in een “eigen” productieproces.
Moet een partij op de aanwezigheid van Salmonella gecontroleerd worden dan dient uiteraard de grensreactie op Salmonella plaats te vinden.

Escherichia coli
Indien E.coli in grote aantallen aanwezig is in producten, waarin geen groei mogelijk is (bijvoorbeeld in zuiver water), dan kan dit wijzen op een fecale besmetting

Enterococcus (fecale streptokokken)
Het nadeel van het gebruik van Enterobacteriaceae als indicatororganismen is dat deze groep bij onder slechte omstandigheden, zoals hitte en droogteen in aanwezigheid van bepaalde desinfectiemiddelen, snel afsterft. Daarom wordt het gebruik van Enterococcus als aanvullende indicatororganisme aanbevolen.

Schimmels
De aanwezigheid van kweekbare schimmel(sporen)in verhitte producten kan wijzen op nabesmetting, waarbij stof een belangrijke oorzaak kan zijn.
Treft men schimmels aan dan bestaat het gevaar van mycotoxinevorming. Reden om vooral graan en notenproducten op schimmelgroei te controleren.

Staphylococcus aureus
De aanwezigheid van grote aantallen is een aanwijzing voor de aanwezigheid van stafyloenterotoxinen en voor slechte hygiënische omstandigheden waarbij aanraking van voedsel met de handen heeft plaatsgevonden.

Algemene kiemgetal
Het totale kiemgetal is nuttig omdat het een algemene indruk van het product geeft. Het zegt echter weinig over de eventuele schadelijkheid van het product voor de gezondheid. Hiervoor is onderzoek naar de pathogenen zelf noodzakelijk. Voor controle van het proces is een handige parameter, een afwijking van de normaal aangetroffen waarden is verdacht en moet aanleiding zijn verder specifiek onderzoek.  27-12-2006