Alle micro-organismen behalve de virussen zijn met de lichtmicroscoop te bekijken. Bij algen en schimmels is moet het microscopisch onderzoek uitwijzen met welk soort micro-organisme men te maken heeft. Dit vergt wel veel scholing en ervaring.(wordt hier niet verder besproken)
Bij bacteriën zal een microscopisch preparaat nooit aangeven welke soort het precies is maar men komt wel erachter tot welke groep men het verdere onderzoek kan beperken.
De belangrijkste kenmerken waarop de indeling in groepen is gebaseerd zijn :

Dit leidt tot de volgende indeling van een aantal bekende bacteriën: 

gramnegatief			grampositief
spiril of vibrio	staafje	bol	staaf		bol  (coc)
Vibrio Campylobacter	Pseudomonas Escherichia Enterobacter Citrobacter Klebsiella Salmonella Shigella Proteus	Neisseria	sporevormend	niet sporevormend	Micrococcus Staphylococcus Leuconostoc Streptococcus Enterococcus
			Clostridium Bacillus	Listeria Propionibacterium      Lactobacillus

Je ziet dat met  de microscoop slechts een beperkte indeling van de bacteriën mogelijk is. Zo lijken de meeste gramnegatieve bacteriën op elkaar, het zijn allemaal kleine staafjes. Onschadelijke bacteriën, bacteriën die een onhygiënische toestand verraden en ziekteverwekkers worden zo op één grote hoop gegooid. 

Het is wel mogelijk als je met een onbekende bacterie te maken hebt om met een eenvoudig grampreparaat een eerste schifting te maken : je kunt een aantal mogelijkheden uitsluiten, en vaststellen of er wel of geen sporen aanwezig zijn. Sporevormers vormen echter niet onder alle omstandigheden sporen!.

Er zijn ook andere methoden om het gramkarakter te bepalen; de KOH-methode en de bactident-aminopeptidase test.

Voor de bepaling van een bepaalde soort (of groep) micro-organismen moeten we daarom verder (ook) gebruik maken van hun biochemische kenmerken en uiterlijk en  groeimogelijkheden op een selectief medium.

Zie ook schema voor een  eerste determinatie
 

[ microscopisch uiterlijk ] [ groeiwijze ] [ biochemische eigenschappen ] [ antigene eigenschappen ] [ faagtypering ] [ DNA typering ] [ identificatie grampositieve en gramnegatieve bacterien ]